台湾史研究所の発展目標は、中央研究院を台湾史研究の国際的な中心として、台湾研究の学術的な発展を推進することです。前述の台湾史研究所設立の趣旨及び発展目標に基づいて、次の６つの研究領域を重點的に推進していきます。（１）台湾社会経済史（２）台湾の政治の変遷と植民地史（３）台湾の民族史（４）台湾文化史（５）台湾環境史（６）台湾海事史。上述の重點的な領域を推進するため、長期計畫に基づき次の３種類の研究を推進します。

• 基礎学科の研究：歴史学を基礎として関連学科の理論と方法を結合し、時代を超えた実證研究、また、国內外の官公庁及び民間の組織から台湾の資料を広く収集し、台湾研究における史料学を構築する
• 地域比較研究：台湾內の地域の差を考察し、台湾と中国・東南アジア・環太平洋地區など、人の往來・交流などを含めた地域間の歴史や文化の交流を明らかにする。
• 総合的な研究：台湾の歴史研究における重要な課題に対して、学部・地域を超えた長期的で総合的なテーマ研究計畫を推進する。台湾の歴史研究の範囲及び理論を拡大して台湾の歴史及び社会発展の系統的な知識を構築する。

本研究グループは現在、専門研究員が ３名います。農耕社会及び商業の伝統的な研究を長期研究対象とし、それぞれの研究に対して重點を設定し、両者を統合することを基本理念としています。現在の計畫では產業発展と社会の変革を重點とし、研究の課題には、オランダ統治時代から日本統治時代の產業発展と社会の変革、台湾の漁業史、霧峰林家の歴史及び淡水河流域の社会経済史を含みます。

本研究グループは現在、専門研究員が７名います。植民地史研究グループの研究方向は、植民地統治時代の関連制度における台湾社会を理解するために、日本の植民地政府の台湾における行政、法律制度及び公務員のシステムを検討するとともに、他の国々や植民地と比較し、戦後、台湾の行政長官がどのように植民地政府から引継ぎを行っていったのかを検討することです。また、日本統治時代における台湾人の海外での活動は、日本の南方進出の政策に関連するだけでなく、台湾の島以外での様々な出來事が、戦後の認識や民族の発展にも影響を與えていると考えています。具体的な研究の重點項目には（１）軍政、行政網及び戦爭動員など日本統治時代の植民地の行政について（２）植民地の再植民、日本の南方進出政策における台湾と海南島について（３）中国、東南アジアなど地域別、及び醫師、教師、通訳など職業別に見た台湾人の海外活動について、（４）特に精神面及び生活面における台湾人の「国語」経験について、を含みます。

本研究グループは現在、専門研究員が７名います。研究の重點は、台湾の各 エスニック・グループ（平埔、原住民、福佬、客家など）に見る歴史上の相互関係です。台湾は移民社会であって、閩南、粵東から來た漢人を主に構成されています。しかしながら、台湾には南方の島の言語を使用する民族がすでに分散していたため、漢人の移民、開墾においては、様々な民族グループ同士の衝突や適合などの問題が発生しました。また、派生的な課題研究としては、地域社会の形成と変遷の理論体系、民族グループが地域社会を形成する過程において演じた役割、苗栗地域の山嶽部における社会発展、中部・南部・北部・東北部・東部のエスニック・グループの歴史研究、また各地域・各エスニック・グループの相互関係の研究及び地域・民族・時間を超えた比較研究を含みます。

本研究グループは現在、専門研究員が７名います。研究員の研究計畫には、17世紀の台湾社会の文化史、清朝時代の領域問題、日本統治時代の植民地語言教育・文学思想、台湾の文学・音楽及び芸術の創作、日本統治時代の植民地の特色及び近代性、東南亞的交流史台湾のエリートの反植民地思想と運動及びその系譜、戦後台湾意識の歴史的な根源、現代台湾の民族主義、台湾の民間の文化・宗教・信仰・医療及び伝統的な社会の☆生み出した文化及び性別論などを含みます。

本研究グループは現在、専門研究員が３名おり、各研究員の専門は環境史・医療史のほか、オランダ統治時代・清代（１７４０年）・日本統治時代・戦後など長期間に渡り、専門史の研究以外に共同の計畫もあり、中央研究院以外の専門家と共同で、台湾と華南地區の寄生蟲病の感染及び環境の変遷などを検討を３年以內に完成する予定です（民国９６～９８年：２００７～２００９年）。

本研究グループは現在、専門研究員が４名おります。