• Ph. D., History, National Taiwan University, Taiwan.

• Commercial history, social and economic history, regional studies

• 林玉茹。 1997年3月 ，〈清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡〉，328頁，國立臺灣大學歷史學研究所博士論文。
• 林玉茹 。1993年6月，〈清代臺灣港口的空間結構〉，347頁，國立臺灣大學歷史學研究所碩士論文。

Monograph

• 林玉茹，2022，《《向海立生：清代臺灣的港口市街、人群與社會》》（臺北：聯經），共450頁。
• 林玉茹，2013，《《尺素頻通：晚清寧波與泉州、臺灣之間的貿易文書》》（臺北：政治大學出版中心），共360頁頁。
• 林玉茹，2012，《台湾拓殖株式会社の東台湾経営─国策会社と植民地の改造》（東京：汲古書屋），共380頁。
• 林玉茹，2011，《國策會社與殖民地邊區的改造：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營》（臺北：中研院台史所），共324頁。
• 林玉茹，2007，《殖民地的邊區：東臺灣政治經濟的發展》（臺北：遠流出版社），共411頁頁。
• 林玉茹、李毓中，2004，《戰後臺灣的歷史學研究1945-2000：臺灣史》（臺北：行政院國家科學委員會），共393頁頁。
• 林玉茹、李毓中，2004，《臺湾史研究入門（戰後以來臺灣史研究回顧）》（東京：汲古書屋），共328頁頁。
• 林玉茹，2000，《清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡》（臺北：聯經出版社），共437頁頁。
• 林玉茹，1996，《清代臺灣港口的空間結構》（臺北：知書房），共347頁頁。
• 林玉茹，《清代臺灣經濟地理》（上海：華東師範出版社），

Journal Article

• 林玉茹, 2024, “Transnationalism or Nativism? The Construction and Disintegration of Cross-Straits Dual Families between Taiwan and Fujian during the Qing-Japan Regime Transition”, Journal of Colonialism and Colonial History, 25(3): 1-23.
• 林玉茹，2024，〈国際貿易と文化の仲介者：政権移行下、台南最大富裕商人王雪農の出現〉，《東洋史訪》31：107-157。
• 林玉茹，2024，〈〈由商業習慣到國際法：郊商在東亞貿易中的紛爭和因應（1860-1905）〉〉，《《臺灣史研究》》
• Lin Yuju, 2023, ““Transnational Networks of Human Resources and Knowledge in East Asia: A Case Study of Taiwan Merchant Wang Xuenong (1870–1915) and His Trading Company,””, Journal of the Royal Asiatic Society( Cambridge University Press),, Series 3,: 1–19..
• 林玉茹著，森田明譯，2023，〈〈「家は福建、店は台灣」清朝と日本統治下台南郊商許藏春の選択—〉〉，《《東洋史訪》》第30號：102-150。
• 林玉茹著，森田明譯，2022，〈〈政治、エスニックグル—プと貿易：18世紀海商団体郊の台灣におけゐ出現—〉〉，《《東洋史訪》，》第29號：62-103。
• 林玉茹，2022，〈〈「業憑契管」下識字階級的操作：光緒十八年大崗山山豬運庄契尾的考證和意義〉〉，《《臺灣風物》》72:1：9-58。
• 林玉茹，2022，〈「家在彼店在此」：清、日跨政權下臺南郊商許藏春的抉擇〉〉，《《臺灣史研究》》
• 林玉茹，2020，〈閩南商業文化的傳承與創新：清代臺灣郊商的商業傳統〉，《鄭政誠主編，《移轉與質化：桃園閩南文化論集》，桃園：桃園市政府文化》頁113-133。。
• 林玉茹，2020，〈〈跨國貿易與文化仲介：跨政權下臺南第一富紳王雪農的出現〉〉，《臺灣史研究》第27卷第4期，頁1-48。
• 林玉茹，2020，〈〈過新年：從傳統到現代臺灣節慶生活的交錯與嫁接〉，〉，《收於呂紹理主編，《如何日常，怎樣生活》》，臺北：臺大出版社，頁27-74。
• 林玉茹，2019，〈政治、族群與貿易：十八世紀海商團體郊在臺灣的出現〉，《國史館館刊》第62卷，頁1-54。
• 林玉茹，2019，〈林玉茹 2020年5月〈日本統治期台湾における税関制度の変遷〉，〉，《收於植野弘子、上水流久彥主編，《帝国日本における越境・断絶・残像――モノの移動》，東京：風響社，》頁147-172。。
• 林玉茹，2018，〈進口導向：十九世紀臺灣海產生產與消費〉，《臺灣史研究》第第25卷第1期，頁1-62。
• Lin Yuju, 2018, “Conflict and the Aboriginal-boundary Policy of the Qing Empire: The Purple Aboriginal-boundary Map of 1784”,  East Asian History, vol.42,pp.33-45..
• Lin Yuju, 2017, ““Continuity and breakdown: Taiwan’s customs service during the Japanese occupation, 1895–1945,””, International Journal of Maritime History,, Vol. 29(4): pp.855-874..
• 林玉茹，2017，〈開港前後台灣南北雙核心區域型經濟區的形成與發展(1851-1895)〉，《地域文化研究》第3期，頁12-51。
• Lin Yuju, 2017, “Continuity and breakdown: Taiwan's customs service during the Japanese occupation,1895-1945”, International Journal of Maritime History, Vol. 29(4),pp.855-874..
• 林玉茹，2016，〈通訊與貿易：十九世紀末臺灣與寧波郊商的訊息傳遞〉，《臺大歷史學報》第58卷，頁157-193。
• 林玉茹，2016，〈日據時期臺灣的稅關資料及其運用〉，《国家航海》第16卷，頁81-121。
• 林玉茹，2015，〈〈追思東臺灣研究的開創者和在地實踐者 :夏黎明教授（1956-2015）〉〉，《《東臺灣研究》》第22期，頁7-11。
• 林玉茹，2015，〈〈清中葉臺灣三大區域型經濟區的成立（1784-1850）〉〉，《《東北史地》》第1期，頁58-69。
• Yu-Ru Lin, 2015, “Management and Experiments of A Colonial Industry：Japanese official-run fishermen migration project in Taiwan during the late Meiji years”, Journal of Overseas Chinese Studies Connections and Comparisons in East Asia, 9.
• 林玉茹，2014，〈〈過新年：從傳統到現代臺灣節慶生活的交錯與嫁接〉〉，《《臺灣史研究》》21(1)，1-43。。
• 林玉茹，2013，〈殖民地的產業治理與摸索：明治末年臺灣的官營日本人漁業移民〉，《新史學》第24卷第3期，頁95-133。
• 林玉茹、畏冬，2012，〈林爽文事件前臺灣的邊區圖像：以乾隆49年的臺灣番界紫線圖為中心〉，《臺灣史研究》第19卷第3期，頁47-94。
• 林玉茹著，朝元照雄譯，2012，〈植民地時代東台灣の土地の開墾と栽培事業：國家と台灣拓殖株式會社の共同構築下の農林開發〉，《エコノミクス》第16卷第4期，頁265-312。
• 林玉茹，2011，〈2009年度臺灣產業史研究的回顧與展望〉，《成大歷史學報》第41期，頁239-264。
• LinYu-ju, 2011, “The Trade System of Port Cities in the mid-Nineteenth Century Taiwan”,  Crossroads :Studies on the History of Exchange Relations in the East Asian World, Vol 4: pp.137-168.
• 林玉茹著，朝元照雄譯，2011，〈植民地時代東台灣の資本主義化ト工業化の推進：台灣拓殖株式會社の投資事業〉，《《エコノミクス》（九州產業大學）》第16卷第1期，頁79-143。
• 林玉茹，2010，〈〈從屬與分立：十九世紀中葉臺灣港口城市的雙重貿易機制〉〉，《《臺灣史研究》》第17卷第2期，頁1-38。
• Yu-Ju Lin, 2010, “From Supercargo to Mutual Commissioned Trade: Traditional Junk Trade between Lugang Guild Merchants and China Proper during the Qing Dynasty”, East Asian Maritime History, vol. 9: pp. 195-220..
• 林玉茹，2009，〈2007年臺灣經濟史的回顧與展望〉，《漢學研究通訊》28卷4期，頁17-21。
• 林玉茹著、森田明譯，2009，〈〈軍需產業と辺地政策（上）：台拓の東台灣移民事業の轉換〉〉，《現代臺灣研究》36號，頁46-62。
• 林玉茹，2009，〈〈清末北臺灣漁村社會的搶船習慣：以《淡新檔案》為中心的討論〉〉，《新史學》20卷2期，「地域社會專號」，頁115-165。
• 林玉茹 ，2009，〈潟湖、歷史記憶與王爺崇拜：以清代南鯤身王信仰的擴散為例〉，《臺大歷史學報》43期，頁43-86。。
• 林玉茹，2008，〈回首來時路：中央研究院臺灣史研究所古文書室藏文書的蒐集與運用〉，《臺灣文獻》第59卷3期，頁339-382。
• 林玉茹，2008，〈軍需產業與邊區政策：臺拓在東臺灣移民事業的轉向〉，《臺灣史研究》第15卷1期，頁81-130。
• 林玉茹，2007，〈商業網絡與委託貿易制度的形成：十九世紀末鹿港泉郊商人與中國大陸的帆船貿易〉，《新史學》第18卷2期，頁61-103。
• 林玉茹、鄭博文、林正慧，2006，〈台南縣地區漢人契約目錄〉，《南瀛文獻》第5輯，頁78-191。
• 林玉茹，2005，〈清代臺南縣平埔族的特色與問題--以新編古文書集為中心的討論〉，《臺灣史料研究》第25輯，頁185-206。
• 林玉茹，2005，〈番漢勢力交替下港口市街的變遷：以麻豆港為例（1624-1895）〉，《漢學研究》第23卷第1期，頁1-34。
• 林玉茹，2004，〈殖民地邊區的企業：日治時期東臺灣的會社及其企業家〉，《臺大歷史學報》第33期，頁315-363。
• 林玉茹，2004，〈戰爭、邊陲與殖民產業：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣投資事業的佈局〉，《中央研究院近代史研究所集刊》第43期，頁117-172。
• 林玉茹，2003，〈1945年以來臺灣學者臺灣史研究的回顧：課題與研究趨勢的討論（1945-2000）〉，《臺灣史料研究》第21輯，頁2-33。
• 林玉茹，2003，〈國家與企業同構下的殖民地邊區開發：戰時「臺拓」在東臺灣的農林栽培業〉，《臺灣史研究》第10卷第1期，頁85-139。
• 林玉茹，2002，〈歷史學與區域研究：以東臺灣研究為中心〉，《東臺灣研究》第7卷，頁1-29。
• 林玉茹，2002，〈國策會社的邊區開發機制：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營系統〉，《臺灣史研究》第9卷第1期，頁1-54。
• 林玉茹，2001，〈殖民與產業改造：日治時期東臺灣的官營漁業移民〉，《臺灣史研究》第7卷第2期，頁551-93。
• 林玉茹，2000，〈國家在東臺灣歷史上的角色〉，《東臺灣研究》第5卷，頁161-170。
• 林玉茹，2000，〈戰時經濟體制下東部水產業的統制整合：東臺灣水產會社的成立〉，《臺灣史研究》第6卷第1期，頁59-92。
• 林玉茹，1999，〈地方知識與社會變遷：戰後臺灣方志的發展〉，《臺灣文獻》第50卷第4期，頁235-289。
• 林玉茹，1999，〈清代竹塹地區的商人團體：類型、成員及功能的討論〉，《臺灣史研究》第5卷第1期，頁47-90。
• 林玉茹，1999，〈清代竹塹地區在地商人的活動與網絡（上）（中）（下）〉，《臺灣風物》第49卷第2期、第49卷第3期、第49卷第4期，頁15-64、61-93、61-89。
• 林玉茹，1998，〈清代竹塹地區的商人與商業活動〉，《臺灣文獻》第49卷第4期，頁299-336。
• 林玉茹，1998，〈清代臺灣的洪水災害〉，《臺灣文獻》第49卷第3期，頁83-104。
• 林玉茹，1998，〈一個傳統地區性市場圈的形成：以竹塹地區為例〉，《臺灣文獻》第49卷第1期，頁145-202。
• 林玉茹，1997，〈「東臺灣世界」的研究史及史料評估〉，《東臺灣研究》第2卷，頁17-30。
• 林玉茹，1997，〈由魚鱗圖冊看清末後山的清賦事業與地權分配型態〉，《東臺灣研究》第2卷，頁131-168。
• 林玉茹，1996，〈白川夜舟「臺東舊紀」譯注與史料價值評介〉，《東臺灣研究》創刊號，頁117–140。
• 林玉茹，1996，〈清末至日據烈嶼與福建之商船貿易活動──林天助先生訪問記錄〉，《史聯》第26期，頁1-8。
• 林玉茹，1995，〈清末臺灣港口系統的演變：巔峰期的轉型(1861-1895)〉〉，《臺灣文獻》第46卷第1期，頁95-127。
• 林玉茹，1995，〈清代臺灣中港與後龍港港口市鎮之發展與比較〉，《臺北文獻》直字111卷，頁59-107。
• 林玉茹，1995，〈清末新竹縣文口的經營：一個港口管理活動中人際脈絡的探討〉，《臺灣風物》第45卷第1期，頁113-148。
• 林玉茹，1994，〈清初與中葉臺灣港口系統的演變：擴張期與穩定期(1683-1860)〉，《臺灣文獻》第45卷第3期，頁31-79。
• 林玉茹，1994，〈清代臺灣港口的互動與系統的形成〉，《臺灣風物》第44卷第1期，頁85-121。
• 林玉茹，1993，〈清代臺灣港口的發展與等級劃分〉，《臺灣文獻》第44卷第4期，頁97-134。
• 林玉茹，1993，〈清代臺灣港口的數量與分佈〉，《史原》第19卷，頁213-261。
• Lin Yuju, ““The Construction and Disintegration of Cross-Straits Dual Families between Taiwan and Fujian during the Qing-Japan Regime Transition,””, Journal of Colonialism and Colonial History, 

Monograph Chapter

• 林玉茹，2023，〈〈貿易網絡的創新與挑戰：臺北大稻埕老源順號文書中的社會經濟活動樣態（1901-1904年）〉〉，收於林玉茹編，《《臺北大稻埕商業文書：陳源順號（一）（ 1901-1904）》》（臺北：中央研究院臺史所），頁2-48。
• 林玉茹，2017，〈導論：台湾拓殖株式会社研究の回顧と展望〉，收於森田明、昭元照雄編，《台湾拓殖株式会社研究序説―国策会社の興亡―》（東京：汲古書院），頁3-12。
• 夏黎明、林玉茹、黃宣衛，2016，〈差距與差異：國家內部次區域發展議題〉，收於王振寰、簡旭伸編，《發展研究與臺灣社會》頁103-129。
• 林玉茹，2016，〈近代臺灣經濟地理〉，收於林玉茹編，《中國近代地理第六卷：閩臺近代經濟地理》（上海：華東師範出版社），頁291-452。
• 林玉茹，2015，〈「臺灣田園分別墾禁圖說」與十八世紀末的臺灣〉，收於林玉茹、詹素娟、陳志豪編，《紫線番界 臺灣田園分別墾禁圖說解讀》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），頁14-46。
• 林玉茹，2015，〈由「尺素頻通」看晚清寧波、泉州名台灣的三角委託貿易〉，收於鄭永常編，《東亞海域網絡與港市社會》（臺南：國立成功大學人文社會科學研究中心），頁459-485。
• 林玉茹，2015，〈由「尺素頻通」看晚清寧波、泉州名台灣的三角委託貿易〉，收於鄭永常編，《東亞海域網絡與港市社會》（臺南：國立成功大學人文社會科學研究中心），頁459-485。
• Lin, Yuju,2015,“'Trade, Public Affairs, and the Formation of Merchant Associations in Taiwan in the Eighteenth Century'” In Madeline Zelin and Yuju Lin eds., ed.,  Merchant Communities in Asia 1600-1980, (London: Pickering & Chatto), pp. pp.11-28.
• 林玉茹、畏冬，2014，〈〈林爽文事件前臺灣的邊區圖像：以乾隆49年的臺灣番界紫線圖為中心〉〉，收於華林甫編，《《清代地理志書研究》》（北京：中國人民大學出版社），頁177-230。
• 林玉茹，2013，〈導讀：寧波代理商與泉州、臺灣郊行之間的通信〉，收於林玉茹編，《尺素頻通：晚清寧波與泉州、臺灣之間的貿易文書》（臺北：政治大學出版中心），頁360。
• 林玉茹、畏冬，2012，〈〈林爽文事件前臺灣的邊區圖像：以乾隆49年的臺灣番界紫線圖為中心〉〉，收於NA編，《《臺灣史研究》19卷3期》（臺北：中研院臺史所），頁47-94。
• 林玉茹，2012，〈由私口到小口：晚清臺灣地域性港口對外貿易的開放〉，收於林玉茹編，《比較視野下的臺灣商業傳統》（臺北：中研院臺灣史研究所），頁135-168。
• 林玉茹，2011，〈〈技術移轉から地域開發へ：官營日本人移民事業的展開〉〉，收於老川慶喜、須永德武、谷ケ城秀吉編，《《植民地台湾の経済と社会》》（東京：日本經濟評論社），頁271-302。
• 林玉茹，2009，〈麻豆港及其市街的變遷〉，收於林玉茹編，《麻豆港街的歷史、族群與家族》（臺南：臺南縣政府），頁頁142-255。。
• 林玉茹，2009，〈倒風內海中南鯤身王爺信仰的發展〉，收於南鯤鯓代天府編，《南鯤鯓五王信仰與鹽分地帶文化資產研討會論文集》（臺南：南鯤鯓代天府管理委員會），頁頁1-24。。
• 林玉茹，2008，〈戰時東部漁業中心的形成：東臺灣水產會社的成立和花蓮港漁業移民的進行〉，收於吳翎君編，《後山歷史與產業變遷》（花蓮：國立花蓮教育大學鄉土系），頁頁129-172。
• 林玉茹，2008，〈導讀一：南瀛學國際研究的展開〉，收於林玉茹、Fiorella Allio編，《南瀛歷史、社會與文化》（臺南：臺南縣政府），頁頁Ⅵ-Ⅹ。
• 林玉茹，2008，〈回首來時路：中央研究院臺灣史研究所古文書室藏文書的蒐集與運用〉，收於逢甲大學歷史與文物管理研究所、台灣古文書學會編，《第二屆臺灣古文書與歷史研究》（臺中：逢甲大學出版社），頁頁105-153。
• 林玉茹，2006，〈略論十九世紀末變局下鹿港郊商的肆應與貿易：以許志湖家貿易文書為中心的介紹〉，收於林玉茹、劉序楓編，《鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（1895-1897）》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），頁32-56。
• 林玉茹，2005，〈殖民地邊區的企業：日治時期東臺灣的會社及其企業家〉，收於夏黎明編，《邊陲社會及其主體性論文集》（臺東：東臺灣研究會），頁頁237-273。
• 林玉茹，2001，〈閩粵關係與街庄組織的變遷：以清代吞霄街為中心的討論〉，收於曹永和先生八十壽慶論文集編輯委員會編，《曹永和先生八十壽慶論文集》（臺北：樂學書局），頁頁81-101。
• 曹永和、林玉茹，2000，〈明清臺灣洪水災害之回顧及其受災分析〉，收於吳建民編，《臺灣地區水資源史》（臺中：臺灣省文獻會），頁頁310-354。
• 林玉茹，1999，〈清代竹塹地區的在地商人及其商業資本〉，收於黃富三、翁佳音編，《臺灣商業傳統論文集》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處），頁頁133-186。
• 林玉茹，1999，〈知識與社會：戰後臺灣方志的發展〉，收於許雪姬、林玉茹編，《五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處），頁頁25-66。
• 林玉茹，1999，〈臺東縣沿革〉，收於施添福編，《臺東縣史地理篇》（臺東：臺東縣政府），頁頁11-51。
• 林玉茹，1998，〈臺東直隸州丈量八筐冊的史料價值：兼論一手史料的編輯整理問題〉，收於中華檔案曁資訊微縮管理學會編，《海峽兩岸檔案學術交流會（臺灣地區代表部分）論文集》（臺北：中華檔案暨資訊微縮管理委員會），頁頁70-89。
• Lin Yuju,““From Customary Practice to International Law:Disputes and Responses of Jiao Merchants in East Asian Trade (1880–1905),”” In Maria Adele and Carrai Surabhi Ranganathan ed., The Cambridge History of International Law Cambridge University Press), 

Proceeding Paper

• 林玉茹，2023，〈臺南研究的國際化與在地化：南瀛國際人文社會科學研究中心20年〉，發表於第七屆南瀛研究國際會議：港口城市、周邊與腹地，臺江劇場：南瀛國際人文社會科學研究中心，2023-10-21 ～ 2023-10-22。
• 林玉茹，2023，〈貿易網絡的創新與挑戰：臺北大稻埕老源順號文書中的社會經濟活動樣態（1901-1904）〉，發表於第三屆臺灣產業發展與社會變遷：近代技術創新與體制變革國際學術研討會，中研院人文社會大樓第一會議室：中央研究院台灣史研究所，2023-09-07 ～ 2023-09-08。
• 林玉茹，2023，〈国境を越えた貿易と知識ネットワーク: 台湾の実業家王雪農と彼の貿易会社を事例に (1880-1905)〉，發表於日本‧臺灣國際學術會議：經濟思想と產業經營から見た台灣：19世紀から20世紀まで，日本東京八王子大學campas：日本經濟思想史學會，2023-08-19。
• 林玉茹，2023，〈国際貿易と文化の仲介者―政権移行下、台南最大富裕商人王雪農の出現（1880～1905年）〉，發表於19-20世紀の東アジア世界をめぐる學知交流，日本靜岡縣立大學全球區域研究中心會議室：日本靜岡縣立大學全球區域研究中心，2023-08-22。
• Lin Yuju, 2023, “From China to Japan: Tax and the Great Shift of Taiwan Seafood Importation (1890-1905)”, paper present at Tariffs and trade in East Asia on-line workshop, 線上: London University, 2023-07-10.
• Lin Yuju, 2023, “From Customary Practice to International Law: Disputes and Responses of Jiao Merchants in East Asian Trade (1880–1905)”, paper present at Workshop - Volume Asia: The Cambridge History of International Law, Parallel Webinars, 線上: Cambridge University, 2023-05-26.
• 林玉茹，2022，〈晚清至日治初期跨海雙元家庭的建構與崩解：以臺南郊商許藏春為例〉，發表於近現代臺灣經驗的交錯與流動學術研討會暨林本源中華文化教育基金會年會，中央研究院台灣史研究所802室：中央研究院台灣史研究所，2022-07-07 ～ 2022-07-08。
• Lin Yuju, 2022, “Transnational Networks of Trade and Knowledge in the Late Nineteenth Century: A Case Study of Taiwan Merchant Wang Xuenong and His Trading Company”, paper present at the 19th World Economic History Congress, Paris: IEHA, 2022-07-25 ~ 2022-07-29.
• 林玉茹，2020，〈閩南商業文化的傳承與創新：清代臺灣郊商的商業傳統〉，發表於台灣史研究新視界學術研討會暨祝賀陳在正先生從教70週年座談會，廈門：廈門大學臺灣研究中心、廈門臺灣研究院，2020-11-13 ～ 2020-12-14。
• 林玉茹，2019，〈由臺灣出發：十八世紀海商團體郊的出現〉，發表於臺灣史研究所講論會，中央研究院臺灣史研究所：臺灣史研究所，2019-05-28 ～ 2019-05-28。
• 林玉茹，2017，〈進口導向：十九世紀臺灣海產的生產與消費〉，發表於第二屆臺灣產業發展與社會變遷：近代臺灣的農業生產與食物消費，中央研究院人文社會科學館北棟3樓第一會議室：中央研究院臺灣史研究所，2017-09-28 ～ 2017-09-29。
• Lin Yuju, 2017, “The Customs of Taiwan during the Japanese Occupation: Window of Control”, paper present at The 14th Annual Conference of European Association of Taiwan Studies, Venice: European Association of Taiwan Studies, 2017-03-02 ~ 2017-03-04.
• 林玉茹，2016，〈帝国における人とモノの移動に関する統制管理の窓口 日本統治期台湾の税関〉，發表於シンポジウム帝国日本における人とモノの移動と他者像――台湾・朝鮮・沖縄を基点に――，日本東洋大學：日本東洋大學，2016-12-04。
• Lin Yuju, 2016, “Conflict and the Aboriginal-boundary Policy of the Qing Empire: The Purple Aboriginal-boundary Map of 1784”, paper present at 21st Biennial Conference of the European Association for Chinese Studies, St. Petersburg: the European Association for Chinese Studies, 2016-08-23 ~ 2016-08-28.
• 林玉茹，2016，〈日治時期臺灣的稅關資料及其運用〉，發表於專題演講，日本佛教大學：日本佛教大學，2016-07-03。
• 林玉茹，2016，〈日治時期臺灣的稅關資料及其運用〉，發表於海關文獻與近代中國學術研討會，上海復旦大學：上海復旦大學中國海關史與海關文獻國際研究中心，2016-02-27。
• 林玉茹，2016，〈「新世界」的拓荒者：初探夏黎明教授的學術研究和在地實踐〉，發表於臺灣地理學會2016年年會暨學術研討會，台灣師範大學：台灣師範大學地理系，2016-01-23。
• 林玉茹，2015，〈向朝鮮或臺灣出魚？明治末年殖民地臺灣的官營日本人漁業移民〉，發表於日帝殖民地經濟的比較國際學術研討會，韓國高麗大學：韓國高麗大學民族文化研究院，2015-09-11 ～ 2015-09-12。
• 林玉茹, 2015, “Communication and Trade: The Message Transmission of Jiao Merchants in Taiwan and Ningbo at the End of the Nineteenth Century”, paper present at International Workshop on Network and Communication in East Asia and Beyond in the 19th and Early 20th Centuries, London: Royal Holloway University of London and Bergen University of Norway, 2015-03-06 ~ 2015-03-07.
• 林玉茹，2013，〈由「尺素頻通」看晚清寧波、泉州與臺灣的三角委託貿易〉，發表於2013 Conference on Maritime Culture 海洋文化學術研討會，國立成功大學：國立成功大學，2013-11-29 ～ 2013-11-30。
• 林玉茹，2013，〈「尺素頻通」與晚清寧波、泉州、臺灣各港的三角貿易〉，發表於「海洋、港口城市、腹地：十九世紀東亞的交通與社會變遷」國際學術會議，復旦大學歷史地理中心會議室：中國上海復旦大學，2013-10-19 ～ 2013-10-20。
• Lin, Yuju, 2013, “Correspondence between Jiao Merchants’ and Ningbo-Quanzhou-Taiwan Trade in Late Qing Dynasty”, paper present at Cultures of Documentation in East Asia: Interchange, Acculturation and Extension, Seoul, Seoul National University: 2013 Kyujanggak HK International Symposium for Korea Studies, 2013-08-22 ~ 2013-08-23.
• 林玉茹，2013，〈由「尺素頻通」看晚清的海商團體〉，發表於2013近世東亞海港城市工作坊，國立成功大學歷史系二樓振芝講堂：國立成功大學歷史系，國立成功大學人文社會科學中心，2013-05-17 ～ 2013-05-17。
• Lin, Yuju, 2013, “Trade, Public Works, and Formation of Taiwanese Merchant communities in the 18th Century”, paper present at The 10th European Association of Taiwan Studies Annual Conference, Lyon Normal Superior School, France: European Association of Taiwan Studies, 2013-05-02 ~ 2013-05-04.
• 林玉茹，2012，〈過新年：由傳統到現代臺灣節慶生活的交錯與嫁接1890-1945〉，發表於日記與社會生活史學術研討會，國立臺灣歷史博物館：中央研究院臺灣史研究所、國立臺灣歷史博物館、國立成功大學歷史學系合辦，2012-12-07 ～ 2012-12-07。
• Lin, Yuju, 2012, “Trade, Local Affairs, and Formation of Taiwanese Merchant communities in Mid-18th Century”, paper present at The 16th World Economic History Congress, Stellbosch University, South Africa: the Economic History Society of Southern Africa and The Department of Economics, 2012-07-09 ~ 2012-07-13.
• Lin yu-ju, 2012, “Competition and Cooperation: the Trade Pattern of Treaty Ports in 19th Century Taiwan”, paper present at the 37th Annual Conference of Economic and Business Historical Society, Las Vegas, NV, US: Economic and Business Historical Society, 2012-04-26 ~ 2012-04-28.
• Lin yu-ju，2011，〈Trade, Politics and the Formation of Merchant Communities in Taiwan from 18th to the Early 19th Centuries〉，發表於International Workshop of “Merchant Communities in Early Modern Asia: Towards a Comparative Institutional Perspective，The institute of Taiwan History, Academia Sinica：The Institute of Taiwan History, Academia Sinica，2011-12-06 ～ 2011-12-07。
• 林玉茹，2011，〈〈林爽文事件前的臺灣邊區圖像：以乾隆49年臺灣番界紫線圖為中心〉〉，發表於「明清研究國際學術研討會」，中央研究院人文社會科學館3樓：中央研究院明清研究推動委員會，2011-11-24 ～ 2011-11-25。
• 林玉茹，2011，〈由臺灣至閩南：18世紀郊的形成〉，發表於第二次國際學術workshop，「Global Trade and Merchant Communities in Eurasia: Transitions from the 18th to 19th Centuries」，日本香川大學：日本慶應大學與一橋大學，2011-03-10 ～ 2011-03-11。
• 林玉茹，2010，〈2009年度臺灣產業史研究的回顧與展望〉，發表於2009年臺灣研究的回顧與展望研討會，國立臺灣師範大學教育大學2樓202國際會議廳：立臺灣師範大學臺灣史研究所、中央研究院臺灣史研究所、國立政治大學臺灣史研究所，2010-12-16 ～ 2010-12-17。
• 林玉茹，2010，〈由私口到小口：晚清臺灣地區性港口對外貿易的開放〉，發表於黃富三教授榮退暨第二屆臺灣商業傳統國際學術會議，中研院台史所：中央研究院人文社會科學館北棟3樓　第一會議室，2010-09-23 ～ 2010-09-25。
• 林玉茹，2009，〈由私口到小口：19世紀中葉臺灣港口政策的轉變〉，發表於海洋史研究方法與現狀工作坊，國立交通大學綜合一館603：國立交通大學人文與社會科學研究中心，2009-12-19 ～ 2009-12-19。
• 林玉茹，2009，〈清代臺灣港口史總論〉，發表於「《新史學》與臺灣史學二十年」國際學術研討會，政治大學綜合院館五樓國際會議廳、暨南國際大學人文學院國際會議廳：政治大學歷史學系、新史學雜誌社，2009-12-12 ～ 2009-12-14。
• 林玉茹，2009，〈2008年臺灣經濟史回顧與展望：產業史、企業史及總論〉，發表於2008台灣史研究的回顧與展望研討會，政治大學行政大樓七樓第一會議室：政治大學臺灣史研究所、中央研究院臺灣史研究所、臺灣師範大學臺灣史研究所，2009-12-17 ～ 2009-12-18。
• 林玉茹，2009，〈地方市場型的漁業經濟：19世紀臺灣魚貨的產銷〉，發表於臺灣商業傳統國際會議工作坊：農商連體經濟，中研院台史所802會議室：中研院台史所社會經濟史研究群，2009-11-20 ～ 2009-11-20。
• 林玉茹，2009，〈從屬與分立：十九世紀臺灣港口城市的雙重貿易機制〉，發表於中國東南地域文化國際學術研討會，中國浙江省溫州：浙江復旦大學與哈佛東亞系等合辦，2009-11-06 ～ 2009-11-08。
• 林玉茹，2009，〈從屬與分立：十九世紀臺灣港口城市的雙重貿易機制〉，發表於2009海洋史學術研討會，中央研究院人文社會科學研究中心：中央研究院人文社會科學研究中心，2009-10-31 ～ 2009-10-31。
• Lin, Yu-ju, 2009, “Traditional vs. Treaty Ports: Dual Trade System in 19th-Century Taiwan””, paper present at 15th World Economic History Congress, Utrecht,Holland: Utrecht University and the International Institute of Social History, 2009-08-03 ~ 2009-08-07.
• Lin, Yu-ju, 2009, “Traditional vs. Treaty Ports: Dual Trade System in 19th-Century Taiwan”, paper present at pre-conference of the 15th World Economic History Congress, Keio University: Keio University, 2009-03-15 ~ 2009-03-15.
• 林玉茹，2008，〈2007年臺灣經濟史研究的回顧與展望〉，發表於臺灣史研究的回顧與展望研討會，中央研究院人文社會科學館北棟3樓　第一會議室：中研院臺史所、臺師大臺史所、政大臺史所聯合舉辦，2008-12-04 ～ 2008-12-04。
• 林玉茹，2008，〈林玉茹 內海陸化與王爺信仰：南鯤身廟與倒風內海的港口〉，發表於2008海峽兩岸傳統文化藝術理論研討會，福建省福州：福建省炎黃文化研究會、福建省文聯文藝理論研究室，2008-11-14 ～ 2008-11-14。
• 林玉茹，2008，〈內海陸化與王爺信仰：南鯤身廟與倒風內海的港口〉，發表於南鯤身五王信仰語言份地帶文化資產研討會，台南縣南鯤身代天府槺榔山莊：南鯤身代天府管理委員會、中華民俗藝術基金會，2008-10-16 ～ 2008-10-16。
• 林玉茹，2008，〈回首來時路：中央研究院臺灣史研究所古文書室藏文書的蒐集與運用〉，發表於第二屆臺灣古文書與歷史研究學術研討會，逢甲大學：逢甲大學歷史與文物管理研究所、臺灣古文書學會，2008-05-03 ～ 2008-05-03。
• 林玉茹，2007，〈軍需產業與邊區移民政策的轉向：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的移民事業〉，發表於產業發展與社會變遷國際學術研討會，中央研究院人文社會科學館北棟3樓　第一會議室：中央研究院臺灣史研究所，2007-06-21 ～ 2007-06-22。
• 林玉茹, 2006, “From Zhengchuan（整船） to Duijiao（對交）: The Traditional Junk Trade between Lugang Jiaoshang and Mainland China during the Qing Dynasty”, paper present at Harvard-Yenching Institute International Conference, Harvard: Harvard-Yenching Institute International Conference, 2006-06-02 ~ 2006-06-04.
• 林玉茹，2004，〈番漢勢力交替下港口市街的變遷：以麻豆港為例（1624-1895）〉，發表於海峽兩岸臺灣史學術研討會，廈門大學：廈門大學臺灣研究院，2004-08-15 ～ 2004-08-16。
• 林玉茹，2003，〈十九世紀末變局下鹿港郊商的肆應與貿易活動：以鹿港許志湖家郊信文書為中心的介紹與討論〉，發表於2003閩南文化學術研討會，金門技術學院：金門技術學院，2003-12-06 ～ 2003-12-08。
• 林玉茹，2003，〈邊陲與企業：日治時期東臺灣會社的發展〉，發表於邊陲社會及其主體性學術研討會，國立臺東大學：國立臺東大學，2003-10-02 ～ 2003-10-03。
• 林玉茹，2002，〈戰爭、邊陲與殖民產業：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣投資事業的佈局〉，發表於殖民主義與現代性研討會，中央研究院臺灣史研究所籌備處：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2002-12-13 ～ 2002-12-14。
• 林玉茹，2002，〈歷史學與區域研究：以東臺灣研究為中心〉，發表於「區域研究與學科發展：以東臺灣研究為中心」研討會，中央研究院民族所：東臺灣研究會，2002-06-27 ～ 2002-06-27。
• 林玉茹，2001，〈國家與企業同構下的邊區開發： 戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的農林栽培業 〉，發表於國家與東臺灣區域發展史學術研討會，中央研究院臺灣史研究所籌備處：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2001-12-15 ～ 2001-12-15。
• 林玉茹，2001，〈國策會社的邊陲管理架構：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營管理系統〉，發表於國科會臺灣史專題計劃成果發表學術研討會，中央研究院臺灣史研究所籌備處：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2001-06-29 ～ 2001-06-29。
• 林玉茹，2000，〈殖民與產業改造：日治時期東臺灣的日本人官營漁業移民〉，發表於東臺灣鄉土與文化研討會，臺東師院：東台灣研究會，2000-10-06 ～ 2000-10-07。
• 林玉茹，2000，〈國家在東臺灣歷史上的角色〉，發表於「國家與東臺灣發展史研討會」之構想與目的討論會」引言，東臺灣研究會：東臺灣研究會，2000-09-21 ～ 2000-09-21。
• 林玉茹，2000，〈商業、土地與網絡：清代竹塹郊商的土地經營策略〉，發表於第三屆中國商業史國際研討會：中國商人、商會及商業網絡，香港中文大學：香港中文大學，2000-07-06 ～ 2000-07-08。
• 林玉茹，1999，〈清代竹塹城商人土地的取得與經營模式〉，發表於竹塹城建城170週年學術研討會，新竹市立文化中心：新竹市立文化中心，1999-09-19 ～ 1999-09-19。
• 林玉茹 ，1999，〈東臺灣水產株式會社：一個日治末期區域漁業資源整合的個案〉，發表於臺灣漁業史學術會議，中央研究院歷史語言研究所：中央研究院歷史語言研究所，1999-09-30 ～ 1999-09-30。
• 林玉茹，1999，〈知識與社會：戰後臺灣方志的發展〉，發表於五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會，中央研究院臺灣史研究所籌備處：臺灣省政府文化處主辦，中央研究院臺灣史研究所籌備處承辦，1999-05-27 ～ 1999-05-28。
• 林玉茹，1998，〈清代竹塹地區的商人團體：類型、成員與功能的討論〉，發表於北臺灣發展史學術研討會，國立臺灣師範大學：國立臺灣師範大學歷史系，1998-05-23 ～ 1998-05-23。
• 林玉茹，1998，〈臺東直隸州丈量八筐冊的史料價值：兼論一手史料的編輯整理問題〉，發表於1998年海峽兩岸檔案學術交流會，國家圖書館：國家圖書館，1998-05-18 ～ 1998-05-18。
• 林玉茹，1997，〈「東臺灣世界」的研究史及史料評估〉，發表於從地中海到東臺灣：兩個歷史空間在方法論上的對話，中研院台史所會議室：中研院台史所，1997-10-17 ～ 1997-10-17。
• 林玉茹，1996，〈清代竹塹地區的在地商人及其商業資本〉，發表於臺灣商業傳統國際學術研討會，中央研究院臺灣史研究所籌備處：中央研究院臺灣史研究所籌備處，1996-12-14 ～ 1996-12-15。
• 林玉茹，1996，〈白川夜舟「臺東舊紀」譯註與史料價值評介〉，發表於東臺灣研究與南島文化研討會，國立台灣史前文化博物館籌備處：國立台灣史前文化博物館籌備處，1996-06-30 ～ 1996-06-30。

Edited Monograph

• 林玉茹、植野弘子、陳恆安編，2016，《南瀛歷史、社會與文化IV：社會與生活》（台南市：台南市政府文化局），共318頁。
• 林玉茹、詹素娟、陳志豪編，2015，《紫線番界 臺灣田園分別墾禁圖說解讀》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），共247頁。
• 林玉茹編，2015，《《歷史臺灣》第九期》（臺北：國立臺灣歷史博物館），共192頁。
• Madeline Zelin and Yuju Lin eds., 2015, Merchant Communities in Asia 1600-1980, 246 pages.
• 林玉茹 主編編，2013，《2012年度臺灣史研究文獻類目》（臺北：中研院臺史所），共NA頁。
• 林玉茹主編編，2012，《2011年度臺灣史研究文獻類目》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），共220頁。
• 林玉茹編，2012，《《比較視野下的臺灣商業傳統》》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），共575頁。
• 林玉茹編，2011，《2010年度臺灣史研究文獻類目》（臺北：中研院臺史所），共183頁。
• 林玉茹編，2011，《《東臺灣研究》17期》（台東市：東台灣研究會），共120頁。
• 林玉茹編，2009，《麻豆港街的歷史、族群與家族》（臺南：臺南縣政府），共臺南縣政府頁。
• 林玉茹、Fiorella Allio編，2008，《南瀛歷史、社會與文化》（臺南：臺南縣政府），共520頁頁。
• 許雪姬、林玉茹編，1999，《五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處），共524頁頁。

Collections (including Oral History)

• 林玉茹編，2024，《《臺北大稻埕商業文書：陳源順號（二）（ 1905-1906）》》（臺北：中央研究院臺史所。），共453頁。
• 林玉茹編，2023，《《學海悠遊：黃富三先生訪問紀錄》》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），共450頁。
• 林玉茹編，2023，《《臺北大稻埕商業文書：陳源順號（一）（ 1901-1904）》》（臺北：中央研究院臺史所），共397頁。
• 1920-1930年代烈嶼與福建的商船貿易活動：林天助先生訪問記錄編，2019，《臺灣文獻》（南投：國史館臺灣文獻館），共14頁。
• 林玉茹訪問、林建廷記錄編，2018，《雙城舊事：近代府城與臺北城市生活記憶口述歷史》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），共387頁。
• 林玉茹主編編，2013，《2012年度臺灣史研究文獻類目》（臺北：中央研究院臺灣史研究所），共237頁。
• 林玉茹 主編編，2012，《2011年度臺灣史研究文獻類目》（臺北：中研院臺史所），共219頁。
• 劉錚雲編，2012，《《明清檔案文書》（一）》（台北市：國立政治大學人文中心），共69頁。
• 林玉茹 主編編，2012，《比較視野下的臺灣商業傳統》（臺北：中研院臺史所），共575頁。
• 林玉茹 主編編，2011，《2010年度臺灣史研究文獻類目》（臺北：中研院臺史所），共183頁。
• 林玉茹編，2009，《臺南縣平埔族古文書集》（台南：台南縣政府），共329頁。
• 林玉茹、王泰升、曾品滄編，2008，《代書筆、商人風：百歲人瑞孫江淮先生訪問記錄》（臺北：遠流出版社），共298頁頁。
• 林玉茹、劉序楓編，2006，《鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（1895-1897）》（台北：中央研究院臺灣史研究所），共281頁頁。

Others

• Lin Yuju, 2017, “Institutional Profile: Institute of Taiwan History(ITH), Academia Sinica & A Brief Introduction to Two Special-Themed Panels” Eats Newspp. ,.
• 林玉茹訪問、林建廷紀錄，2016，〈我年少時的基隆生活記憶:林月淑女士訪問紀錄〉，《歷史臺灣》，頁卷10，頁199-224。
• 林玉茹，2013，〈走讀美東：2012年訪美經驗談〉，《歷史臺灣》，頁6期,169-180。
• 林玉茹、植野弘子 編，2013，〈南瀛國際人文社會科學研究中心10週年〉，《南瀛國際人文社會科學研究中心10週年》，頁NA。
• 林玉茹、張隆志、詹素娟，2013，〈局開新境：臺灣史研究所二十年〉，《局開新境：臺灣史研究所二十年》，頁120。
• 林玉茹，2012，〈導論：比較視野下的臺灣商業傳統〉，《比較視野下的臺灣商業傳統》，頁Ⅷ-ⅩⅩⅡ。
• 林玉茹，2011，〈〈臺拓在東臺灣的開發〉〉，《《臺灣學通訊》》，頁第58期，頁6。
• 林玉茹，2010，〈〈功名與生理之間：開台進士鄭用錫及其家族的經營策略〉〉，《《臺灣史上重要人物系列》》，頁頁110-127。
• 林玉茹，2010，〈〈深耕鄉土，邁向國際：南瀛研究的推動和展開〉 〉，《《臺灣學通訊》》，頁39期，頁14-15。
• 林玉茹，2008，〈〈導讀一：南瀛學國際研究的展開〉〉，《《南瀛歷史、社會與文化》》，頁頁Ⅵ-Ⅹ。
• 林玉茹 ，2004，〈逐利之風：清代臺灣郊商的多元投資策略〉，《歷史月刊》，頁第201期，頁74-82。
• 林玉茹，2000，〈〈國家在東臺灣歷史上的角色〉〉，《東臺灣研究》，頁第5卷，頁161-170。
• 林玉茹，1994，〈綿延不絕的清淨之火：原住民的家用能源〉，《能源報導》，頁1994.5期，頁3-5。
• 林玉茹訪問、林建廷紀錄，〈我年少時的基隆生活記憶:王秀蓮女士訪問紀錄〉，

Research Report

• 林玉茹，2004，《《臺南縣平埔族古文書集》》，文化建設委員會和臺南縣政府文化局委託委託。
• 林玉茹、劉益昌，2003，《水堀頭遺址探勘試掘暨舊麻豆港歷史調查研究報告》共259頁》，共259頁頁，文化建設委員會和臺南縣政府文化局委託委託。
• 林玉茹，1999，《明鄭至清中葉的臺灣交通（1662-1860）》，共共74頁頁，國立臺灣歷史博物館委託中研院臺灣史研究所「臺灣交通史展覽規劃案」委託。

Book Review

• 林玉茹，2000，〈久保文克著「殖民地企業史論──準國策會社實證研究」評介〉，《臺灣史研究》第6卷第2期，頁189-196。
• 林玉茹，1998，〈何（玉雲）著池上平原的土地利用與農業經營評介〉，《東臺灣研究》第3卷，頁203-208。
• 林玉茹 ，1996，〈李（祖基）著「近代臺灣地方對外貿易」評介〉，《臺灣史研究》第2卷第1期，頁218-226。