本所之成立，溯自民國七十五年（1986）。該年，張光直院士等人為推動臺灣史研究，結合院內歷史語言研究所、民族學研究所、近代史研究所、中山人文社會科學研究所四所之部份人力資源，籌畫臺灣史田野研究計畫，並分總計畫與各子計畫。總計畫初期工作以蒐集史料為重點，並向國家科學委員會、美國魯斯基金會（Luce Foundation）申請補助。七十七年（1988）四月，經本院七十七年度第一次院務會議通過，設立「臺灣史田野研究室」為執行單位。自七十八年（1989）七月起，臺灣史田野研究室經費改由院方編列，研究工作乃日益正規化。

隨著臺灣史研究日受重視，社會各界亦日益關心，立法院乃要求本院早日設立臺灣史研究所。民國七十九年（1990）六月三十日，吳大猷院長在第十四屆第一次評議會上指示成立「初步規畫小組」；該小組由本院張玉法、李亦園、陳奇祿、許倬雲及莊英章五位先生組成，由張玉法先生擔任召集人，研擬設所工作。十二月二十二日，張召集人提出「設立『臺灣史研究所』初步研究報告」，其結論傾向設立「臺灣史研究中心」，由各所協同進行臺灣史研究。由於本院並無「研究中心」之組織，該案乃懸而未決。

臺灣史田野研究室召集人張光直院士返國，鑑於設所時機已趨成熟，乃召集相關人士共同研商設所事宜。二月，張召集人向院方提出「建議成立『臺灣史研究所』案」。二月十七日，由田野研究室舉辦聯席會議；會中，李崇道副院長指示應儘速研擬設所規畫案及短、中、長程發展計畫。二月十八日，吳院長指示田野研究室與祕書組積極擬議「臺灣史研究所規畫案」，強調臺灣史研究所之設立，能與院內各所及海內外學術界進行學術交流與合作。三月四日，立法院教育委員會蒞院訪問，對臺灣史研究所設立案深表關切。三月二十七日，本院召開第十四屆評議會第六次會議，會中通過「臺灣史研究所設所規畫案」，臺灣史研究所之設立乃告定案。同年六月二十六日，總統府核准設立臺灣史研究所籌備處，七月十日吳院長聘請國立臺灣大學歷史系黃富三教授出任籌備處主任。

黃富三先生請辭籌備處主任一職，聘請本院院士經濟研究所研究員劉翠溶女士，自八月起接任籌備處主任，繼續推動臺灣史研究所的籌備工作。

聘請本院民族學研究所研究員莊英章先生接任本處主任。

正式成立研究所，由莊英章先生擔任首任所長。

由許雪姬女士擔任第二任所長。

由謝國興先生擔任第三任所長。

由許雪姬女士擔任第四任所長。

由鍾淑敏女士擔任第五任所長。現有專任研究人員22人，組成六個研究群，是最重要的臺灣史研究機構。