《臺灣史研究》為本所自籌備處時期以來的代表性期刊，於民國八十三年六月創刊。本刊自民國八十三年至九十五年為半年刊，九十六年起改版為季刊，收錄範圍除了中英文研究論著之外，包括研究討論、書評、史料介紹，以及學術動態，是目前臺灣史學界學術評價最高、水平較為整齊的學術刊物，同時是主導、整合臺灣史研究的要角。
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