本研究所の出版物は、学術ジャーナル、史料集、単行書、特刊、論文集、台湾史翻訳書、参考図書、口述歴史、展示図録の９種類に分類されます。学術ジャーナル『台湾史研究』は中華民国８３年（１９９４年）６月年に創刊され、中華民国１１２年（２０２３年）６月までに第３０巻第２号まで、合計９２冊が発行されました。史料集は主に「日記」と「史料」の2大類に分かれており、日記類が８２冊、史料類が５０冊、合計１３２冊となっています。その他の出版物の冊数は、専刊５冊、特刊３冊、論文集２４冊、台湾史翻訳書４冊、参考図書２８冊、口述歴史２３冊、展示図録６冊です。以上の９大分類における出版物の総冊数は、合計で３１７冊にのぼります。