本研究所の代表的なジャーナルである「台湾史研究」を半年に一度出版しています。中華民国３８年（１９９４年）６月に創刊後、今日までに１３巻２期発刊されました。これは現在の台湾史学界の学術的なほうかでは最高で、すべての学術的刊行物の水準に達するものです。また、本研究所は台湾史フィールド研究室の時期の刊行物「台湾史フィールド研究通信」を２７期発行しています。中華民国７５年（１９８６年）から中華民国８２年（１９９３年）までです。本研究所が出版した論文集、歴史口述、史料編集など各種専門書は現在までに３４種類４１冊に達し、国内外の学界から評価を得ています。