為深化臺灣史的研究發展，中央研究院臺灣史研究所（以下簡稱「本所」）自1993年籌備處成立開始，即設置古文書室任務編組，以延續臺灣史田野研究室時期採集蒐藏民間文書的傳統；同年，以價購取得的費邁克(Michael H. Finegan)文書，開啟以購買徵集珍稀性文書原件的新方式。雖然如此，家族或個人捐贈所藏文書，仍為原件典藏的主要來源，由本人親贈的孫江淮文書和家屬贈與的高慈美文書，大開捐贈私藏、開放公眾的風氣。田野採集、購置和受贈等三種蒐藏方式，使本所積累了聞名全臺的民間文書、私人和家族文書等典藏特色。

      2000年以來，隨著數位科技進展，數位典藏成為本所大宗檔案的主要蒐藏方式，如林務局所藏日治時期及戰後接收林業檔案、臺灣博物館所藏日治時期勸業銀行檔案、以及臺灣圖書館的日治時期圖書館舊藏文獻等數位化成果；自2004年起，本所開始參與國科會數位典藏國家型科技計畫，與臺灣省諮議會共同進行臺灣省議政檔案數位典藏工作。使本所檔案館的蒐藏從民間文書擴大至機構檔案；同時，許雪姬主持的國科會臺灣文史資源海外徵集與國際合作計畫，亦將檔案徵集工程擴展到日本、俄羅斯、中國等散存海外的臺灣史料。

      2009年，本所為進一步從事系統性的檔案文獻蒐集、整編、數位典藏與開放應用等工作，提請院務會議通過設置「臺灣史研究所檔案館」。專責臺灣重要檔案史料的蒐集和保存，支援臺灣史深化研究和多樣性發展。檔案館成立宗旨在於承襲本所自田野調查室時期以來，蒐藏檔案史料的傳統，以永續支援學術研究與推動學術服務。主要任務與目標：