1918年起的全球流行性感冒疫情（influenza，又名感冒流行症、惡性感冒）常被稱為「西班牙流感」。疫情並非源於該國，而是在第一次世界大戰期間，西班牙並未如交戰國進行新聞管制，故可自由報導流感疫情，以致於被誤認為疫情起源地。這波流感疫情造成全球約4千萬人死亡，死者以20至40歲間青壯年人口居多。染病者在經過兩、三日的潛伏期之後，開始出現咳嗽、喉嚨痛、惡寒、高燒、倦怠、關節疼痛等症狀。臺灣並非在此時才首次出現流感，但1918年的疫情及帶來的影響無疑是最為深刻的。

1918年5月，流感侵襲臺灣，疫情首發於基隆，後傳入臺北，來源可能來自於自日本移防的軍隊，以及由港口進入的人員。日軍在一次大戰期間曾赴歐洲參戰，推測是軍隊輪調移防時將病毒帶入臺灣。由於1908年西部縱貫鐵路已完工，往來南北與以往相較更為便利，疫情有往南擴散的趨勢，桃園、新竹、臺中等地陸續出現病患，但屬零星疫情。當時的醫療人員並不清楚此為流感，只能將它視為一種「不明熱病」。隨著天氣漸漸炎熱，疫情才逐漸消失。

入秋之後，流感病例再度出現，10月中旬臺南安平出現了首名流感患者。此後病毒由港口向市街擴散，席捲全臺，最後造成近78萬人感染、2萬5千餘人死亡；1920年亦有另一波疫情，造成15萬人感染、近2萬人死亡。其中，又以現今臺南、高雄大部分地區的臺南廳地域之患者數與死亡數，列於西部地區受創最重者。臺南廳是全臺人口次多的行政區，多屬集村形式，以飛沫傳染的流感病毒，透過人群的密度展現其傳染力的強度。

然而，醫界對流感病因的掌握，在此時仍處於混沌不明的階段。分離病毒乃至於從顯微鏡看到病毒的能力都尚未出現，「流感菌」被普遍認為是致病原因。1918年11月3日，臺灣醫學大會召開，與會者包含總督府轄下的醫官、醫師，會議特地變更議程討論此場惡疫。總督府在會議中獲得建議後，民政局長隨即在11月5日通令各地方首長，發布預防規則，包含注重個人居家衛生、保持通風、使用消毒水、不可與病患作近距離接觸、看護者需帶口罩、排泄物需丟棄於便所、衣物毛巾要用熱水煮沸、病患不得外出、減少出入劇場等公共場合，並通令地方保甲，要求民眾需徹底以消毒漱口水漱口；如果要外出，需配戴口罩。

但病毒已在防疫措施施行前，就先癱瘓平時用於監控疫病蔓延的防疫組合人員，無法動員基層保甲系統與民眾清掃環境，也無法配合警政系統迅速通報地方疾病的情況。此外，流感沒有特定的藥物，醫療單位僅能提供支持性的治療；加上其飛沫傳染、極易傳染的特性，使得呼籲保持距離、等待自身抵抗力戰勝病毒，似乎成為因應此病的主要策略。1920年，總督府曾積極鼓勵民眾接受肺炎球菌預防注射，以降低流感所導致的肺炎致死機率。

圖25：1891年馬偕日記

1872年，加拿大長老教會宣教師馬偕定居於淡水，展開其以行醫、辦學的傳教生涯。1891年8月20日，他在日記中記錄包含自己的3個孩子，以及其所創立之牛津學堂與女學堂中，有7人都因感染流感而倒下。（圖25，〈馬偕文書〉，影像號：T1015_009-0075）

圖26：吳森玉醫師執照申請履歷書與修課證明

總督府設立醫學校所培養的臺人醫師，在疫情流行之際，是地方防疫醫療的重要角色。1904年畢業於總督府醫學校的吳森玉，同年向總督府申請醫師執照，在學時修習內外科、生理、病理、藥物、衛生等學科，後於臺南市自行開業，開設中和堂醫院。1918年12月2日，《臺灣日日新報》報導他在流感流行期間，從早上7點至晚上12點忙著四處看診；為了加快看診的速度，還自聘一輛人力車四處奔走，結果誤傳出他因為過勞而身亡的消息，但其實至1923年他才過世，顯見當時醫師忙碌才會有此傳聞。（圖26，〈臺灣總督府公文類纂〉，影像號：000009690220197、000009690220198）

圖27：日本赤十字醫院臺灣支部傳染病病房，配戴口罩的護理人員與傳染病病患。

              （圖27，〈日治時期臺灣醫學與商業教育學校畢業紀念冊〉，影像號：T0744_0001-0020）
                     

圖28：1920年水竹居主人日記

1月27日，張麗俊在日記中記錄葫蘆墩（今臺中豐原）流感疫情猖獗，人心甚感憂慮，遂請北港朝天宮、南港奉天宮、彰化南瑤宮、鹿港天后宮、梧棲朝元宮五位天上聖母，以及陳平庄（今臺中北屯）紫微亭三官大帝、水裡港（今臺中龍井）福順宮三府王爺、牛罵頭（今臺中清水）紫雲岩觀音佛祖，到葫蘆墩慈濟宮祈求保護地方人民平安；並請列位尊神到庄中遶境，期望以宗教的力量穩定民心。（圖28，〈張麗俊文書〉，影像號：LJ01_00_13_0077）

                     

圖29：1920年臺灣總督田健治郎日記

圖30：1920年日本大藏省專賣局煙草交貨數量減額通知