第一層： 所長、所務會議、學術諮詢委員會
第二層： 副所長
第三層：
副所長以下管轄有三大部份：
　1. 行政管理
　　1-1. 行政室
　　1-2. 資訊委員會
　　　　1-2-1. 資訊室
　　1-3. 環境規劃委員會
　　1-4. 福利委員會
　2. 學術推動
　　2-1. 學術發展委員會
　　2-2. 出版委員會
　　　　2-2-1. 編輯出版室
　　2-3. 台灣史研究 編輯委員會
　　　　2-3-1. 編輯出版室
　　2-4. 圖書檔案委員會
　　　　2-4-1. 檔案館
　　　　2-4-2. 圖書館
　　2-5. 口述歷史委員會
　　　　2-5-1. 口述歷史室
　3. 研究發展
　　3-1. 社會經濟史研究群
　　3-2. 文化史研究群
　　3-3. 族群史研究群
　　3-4. 殖民地史研究群
　　3-5. 環境史研究群
　　3-6. 海洋史研究群