殖民地史研究群以日本在臺統治50年為主要研究斷限，由於臺灣歷史具備縱的繼承與橫的移植兩個面向， 本群的研究觸角也向前延伸至清代、向後延伸至戰後臺灣，強調歷史主體性。首先關注於清代到日治時期政權交替時政治、社會與文化各種變化發展， 特別是人物與重要家族研究，例如霧峰林家、板橋林家如何重新與執政者建立關係。

在主要的日治研究上，涵蓋家族史、統治政策、政策史與社會邊緣底層的探討。 目前著重的研究議題包括：一、有關總督府確立統治後，如何有計畫實施官營移民計畫，招攬日本資本進入臺灣， 並逐步以臺灣為中心向南洋與中國華南地區進行產業開發，其南支南洋政策如何建立等；二、法制史研究上，本群強調法律對當時的社會意義， 對於1895年臺灣總督府如何逐步導入西方式的法律體系於殖民地臺灣，並依據其需要加以調整，例如對祭祀公業性質的探討， 傳統中國家族體系如何轉化為符合近代法體系的過程。三、日本帝國擴張後人的流動問題，例如朝鮮人娼妓在臺灣、臺灣人前往中國（包含滿洲國）的發展， 被殖民者如何在海外進行活動。本研究群將持續研究日治及戰後的霧峰林家、日治時期在滿洲的臺灣人，也在既有基礎上探討臺灣地域上人群分類機制， 釐清當時統治者的劃分本島人與內地人之意義，也希望對當時辯護士（律師）社群進行了解。四、為跳脫以往以殖民母國日本為核心所進行的帝國史研究脈絡， 也將對長期被忽略的社會底層人物，包含娼妓與精神病患的生活史加以討論， 致力從被殖民者及邊緣社會的立場勾勒出日本帝國版圖中的東亞世界內部結構性質及其中一份子的殖民地臺灣的社會特質。

除深化前述日治時期各項重要議題外，本群也將研究視野向後擴及至戰後，關注「橫向移植」的制度與統治體制等對臺灣的影響。 2011年至2013年執行本院「戰後臺灣歷史多元鑲嵌及主體創造」三年期主題計畫，便是上述議題的呈現。主要關懷有三： （1）「外來政權與臺灣本地人才登用」：外來政權如何利用考試制度，在統治、懷柔本地菁英與保持自身利益之間，透過額定的方式，限制臺灣人材的任用， 以取得統治平衡？ （2）「二次戰後臺日政經關係之重建與發展」：戰後日本與臺灣如何在「日華關係」下維繫、成長？戰後日、臺兩地之人， 如何憑藉臺灣淵源，在「脫殖民」之後恢復或者重新建立官、民之政經關係？ （3）「國家法律上人群分類機制」：戰後臺灣地域在國家法上如何延續日治時期人群分類機制及其產生的法律效果。隨該主題計畫的結束， 上述議題的研究也積累了不少成果。

另外，本群透過日記解讀與出版，嘗試從不同階層的人物理解當時政治社會環境，彌補以往研究多著重官方或有限的私人文書的不足。 至2017年為止出版的日記史料包括《灌園先生日記》、《臺灣總督田健治郎日記》、《黃旺成先生日記》（未完）、《楊水心女士日記》、 《陳懷澄日記》（未完）、《陳岺女士日記》、《林紀堂先生日記》、《籾山衣洲在臺日記》、《駐臺南日本兵1904年日記》、 《葉盛吉日記》（未完）等多種。除文字史料外，本群也長期進行大量的口述歷史訪談，舉凡婦女史、特定政治事件議題（如二二八、白色恐怖）、 大家族興衰，更與立法院、行政院國家防災中心等機構合作進行立委、九二一災後重建的人物訪談，配合研究主題讓口述訪談的對象更為多元， 前述訪談均已出版。在數位資料庫的建置上，本群與本所檔案館更合作進行包括「臺灣人物資料庫」（已完成約六百位人物）、「臺灣總督府職員錄系統」、 「臺灣日記知識庫」（已收錄14種日記）的建置。目前本群也持續擴大與國內外研究者的對話，舉辦演講、研討會與工作坊等學術活動， 其中，常態性的研討會活動，包括自2000年以來舉行六次日記研究的研討會， 兩屆人流與跨境國際學術研討會以及2016年以來與韓國漢陽大學比較歷史研究所共同舉辦之「臺韓比較研究」工作坊等。