• Ph. D., History, National Taiwan University, Taiwan.

• the Formation of Hakka, the History of Taiwan-Hakka, 228 Incident and White Terror in postwar Taiwan

• Cheng-hui Lin, Exploring the Shaping Progress of Taiwan-Hakka: Since the Ching Dynasty, Taipei: Doctoral Dissertation, Department of History College of Liberal Arts National Taiwan University, 2013.

Monograph

• 林正慧，2015，《臺灣客家的形塑歷程──清代至戰後的追索》（台北：國立臺灣大學出版中心），共558頁。

Journal Article

• 林正慧，2024，〈隘寮溪流域客庄的水利興設與洪患防治〉，《客．觀》5：7-38。
• 林正慧，2023，〈由「重整後臺灣省工委」案看調查局對自首自新分子之運用〉，《國史館館刊》73：1-68。
• 林正慧，2021，〈1920-1930年代抗日運動中的「廣東族」身影〉，《台灣史料研究》58：2-71。
• 林正慧，2021，〈1950年代保安司令部諜報組的組織佈建與偵防行動〉，《臺灣史研究》28(4)：201-254。
• 林正慧，2021，〈〈由「客人」到「客家」：嘉應州士子以「客」自我定位的過程與影響〉〉，《《全球客家研究》》第16期：71-112。
• 林正慧，2020，〈〈當史學遇到客家：解構後的重新認識〉〉，《《全球客家研究》》第14期，頁149-196。
• 林正慧，2020，〈〈1895年乙未之役中的臺灣客家〉〉，《《客家研究》》第11卷第1期，頁59-134。
• 林正慧，2017，〈日治臺灣的福客關係〉，《民族學界》第39期，頁7-74。
• 林正慧，2015，〈19世紀西方人眼中的臺灣Hakka〉，《台灣文獻》第66卷第1期，頁107-160。
• 林正慧，〈1895年乙未之役中的臺灣客家〉，《中大客家研究》

Monograph Chapter

• 林正慧，2024，〈日治時期六堆人的華南經驗──以旅券為中心的探討〉，收於鄭春發、李梁淑、邱秀英編，《書寫六堆300：從歷史出發的多元族群共榮》（苗栗：客家委員會客家文化發展中心），頁143-204。
• Lin Cheng-Hui，2022，〈The Roles of Intelligence Agencies during the Incident〉，收於Chen Yi-Shen, Hsueh Hua-Yuan編，《The Tragedy of 228: Historical Truth and Transitional Justice in Taiwan》（Taipei：Memorial Foundation of 228），頁287-369。
• 林正慧，2022，〈勇闖新天地：日治時期外來移民在秀姑巒溪流域的立基與發展〉，收於黃宣衛編，《秀姑巒溪流域的族群、產業與地方社會》（台北市：南天書局），頁33-102。
• 林正慧，2021，〈〈第八章 蔡孝乾案：投降的中共地下黨領袖〉〉，收於台灣民間真相與和解促進會編，《《政治檔案會說話：自由時代公民指南》》（臺北：國家人權館），頁213-239。
• 林正慧，2021，〈〈第1章　當史學遇到客家：解構後的重新認識〉〉，收於張維安、潘美玲、許維德編，《《客家與族群研究的技藝》》（新竹：國立交通大學出版社），頁149-196。
• 林正慧，2021，〈〈第五章 政治檔案文件類型介紹〉〉，收於台灣民間真相與和解促進會編，《《政治檔案會說話：自由時代公民指南》》（臺北：國家人權館），頁125-168。
• 林正慧，2020，〈〈反抗的起點？──從民間角度看二二八與白恐的歷史連結〉〉，收於陳儀深、薛化元編，《《二二八事件真相與轉型正義報告稿下冊》》（臺北：財團法人二二八事件紀念基金會），頁55-104。
• 林正慧，2020，〈〈秋後算帳？──從官方角度看二二八與白恐的歷史連結〉〉，收於陳儀深、薛化元編，《《二二八事件真相與轉型正義報告稿下冊》》（臺北：財團法人二二八事件紀念基金會），頁105-182。
• 林正慧，2020，〈〈二二八事件中的情治機關及其角色〉〉，收於陳儀深、薛化元編，《《二二八事件真相與轉型正義報告稿上冊》》（臺北：財團法人二二八事件紀念基金會），頁333-426。
• 林正慧，2017，〈二二八事件中的中共「臺灣省工作委員會」〉，收於許雪姬編，《七十年後的回顧：紀念二二八事件七十週年學術論文集》（台北：中央研究院臺灣史研究所、財團法人二二八事件紀念基金會），頁145-238。
• 林正慧，2017，〈隱身的左翼武裝：二二八事件中的自治聯軍〉，收於許文堂編，《軍事佔領下的臺灣（1945-1952）》（台北：財團法人臺灣教授協會），頁281-360。
• 林正慧，2015，〈肅諜保防與情治分工〉，收於呂芳上編，《戰後初期的臺灣（1945-1960s）》（台北：國史館），頁197-250。

Proceeding Papers

• 林正慧，2021，〈屏東地區的文協世代〉，發表於「世界．啟蒙．在地：臺灣 文化協會一百週年紀念學術研討會」（高雄場），高雄市立歷史博物館203 多功能教室+線上：中央研究院臺灣史研究所、高雄市立歷史博物館，2021-10-17 ～ 2021-10-17。
• 林正慧，2021，〈〈日治時期六堆人的華南經驗─以旅券為中心的探討〉〉，發表於「2021六堆300年國際學術研討會：從歷史出發的多元族群共榮」，線上舉行：客家委員會、高雄市政府、屏東縣政府，2021-06-03 ～ 2021-06-04。
• 林正慧，2020，〈〈日治臺灣政治史研究回顧與展望(2018-2019)〉〉，發表於「2018-2019臺灣史研究的回顧與展望學術研討會」，中央研究院人文社會科學館北棟3樓第一會議室：中央研究院臺灣史研究所、國立政治大學臺灣史研究所、國立臺灣師範大學臺灣史研究所、國立臺灣歷史博物館，2020-12-10 ～ 2020-12-11。
• 林正慧，2020，〈〈日治時期六堆人的東南亞經驗：以旅券為中心的探討〉〉，發表於「日本帝國與殖民地：人流與跨境（四）國際學術研討會」，中央研究院人文社會科學館北棟3樓第一會議室：中研院臺史所，2020-10-22 ～ 2020-10-23。
• 林正慧，2020，〈〈勇闖新天地：日治時期外來移民在秀姑巒溪流域的立基與發展〉〉，發表於「河川治理、產業與地方社會：秀姑巒溪流域研討會暨走讀鱉溪」，花蓮東華大學人社三館B106室：中央研究院民族學研究所區域研究與區域治理研究群，2020-08-26 ～ 2020-08-27。
• 林正慧，2019，〈二二八事件後的特務們〉，發表於白色恐怖研究—臺灣白色恐怖歷史概覽編纂計畫期末工作坊，中央研究院人文社會科學館北棟 8 樓 802 室：中央研究院臺灣史研究所、國家人權博物館，2019-11-15。
• 林正慧，2019，〈日治時期六堆人的滿州經驗〉，發表於「跨境與境內：殖民地支配政策研究」工作坊，中央研究院人文社會科學館北棟 8 樓 802 會議室：中央研究院臺灣史研究所、韓國漢陽大學比較歷史文化研究所，2019-10-18 ～ 2019-10-19。
• 林正慧，2019，〈當史學遇到客家—解構後的重新認識〉，發表於客家與族群研究技藝工作坊，國立交通大學客家文化學院 HK115 室：國立交通大學人文與社會科學研究中心，2019-10-04 ～ 2019-10-04。
• 林正慧，2019，〈反抗的起點或秋後算帳──關於二二八與白恐的歷史連結〉，發表於台灣二二八事件真相與轉型正義國際研討會，二二八國家紀念館一樓展演廳：財團法人二二八事件紀念基金會、促進轉型正義委員會，2019-07-27 ～ 2019-07-28。
• 林正慧，2018，〈「客家」稱謂的回流與傳播：清末嘉應州以客定位的過程與影響〉，發表於客家的形成與歷史研究工作坊，國立交通大學客家文化學院HK115室：國立交通大學客家學院，2018-12-08 ～ 2018-12-08。
• 林正慧，2018，〈二二八事件中情治人員的角色〉，發表於「二二八事件真相與轉型正義」研究論壇，二二八事件紀念基金會：二二八事件紀念基金會，2018-11-04 ～ 2018-11-04。
• 林正慧，2018，〈臺灣省工作委員會案之研究〉，發表於「白色恐怖個案研究、資料分析與事典編纂計畫」工作坊，國家人權紀念館：國家人權紀念館，2018-11-17 ～ 2018-11-17。
• 林正慧，2018，〈戰後「中原客家」的形塑及影響──南客與北客的比較〉，發表於民主多元的南方社會──中山大學社會系10週年研討會，高雄國立中山大學社科院小劇場：國立中山大學社會學系，2018-09-14 ～ 2018-09-15。
• 林正慧，2017，〈從省站到局本部：保密局的對臺布置與偵防行動（1946-1955）〉，發表於「國史館檔案與歷史研究」學術研討會，國史館四樓大禮堂：國史館，2017-06-24 ～ 2017-06-25。
• 林正慧，2017，〈二二八事件中的臺灣省工作委員會〉，發表於「紀念二二八事件七十週年」學術研討會，中央研究院人文社會科學館北棟3樓第一會議室：中央研究院臺灣史研究所、財團法人二二八事件紀念基金會，2017-02-24 ～ 2017-02-25。
• 林正慧，2015，〈日治臺灣的福客關係〉，發表於第四屆族群、歷史與地域社會學術研討會，中央研究院人文社會科學館北棟3樓第一會議室：中央研究院臺灣史研究所，2015-11-20 ～ 2015-11-21。
• 林正慧，2015，〈隱身的左翼武裝──二二八事件中的自治聯軍〉，發表於「軍事佔領下的臺灣（1945-1952）──張炎憲教授逝世週年紀念學術研討會」，國立臺灣大學社科院梁國樹國際會議廳：財團法人台灣教授協會，2015-10-03 ～ 2015-10-04。
• 林正慧，2015，〈臺籍原日本兵與二二八事件〉，發表於「二二八與臺灣戰後發展」學術研討會，中央研究院人文社會科學館北棟3樓第一會議室：中央研究院台灣史研究所，2015-08-10 ～ 2015-08-11。

Edited Monograph

• 許雪姬、林正慧編，2024，《保密局臺灣站白色恐怖檔彙編（五）》（臺北市：中央研究院臺灣史研究所），共1-325頁。
• 許雪姬、林正慧編，2023，《保密局臺灣站白色恐怖檔彙編（四）》（台北市：中央研究院臺灣史研究所），共443頁。
• 林玉茹、曾品滄、林正慧編，2023，《學海悠遊：黃富三先生訪問紀錄》（台北市：中央研究院臺灣史研究所），共576頁。
• 林正慧編，2017，《二二八事件檔案彙編（十九）》（台北：國史館），共468頁。
• 黃富三等解讀；何鳳嬌、林正慧、吳俊瑩編編，2016，《霧峰林家文書集：閩臺相關信函》（台北：國史館），共471頁。
• 黃富三等解讀；何鳳嬌、林正慧、吳俊瑩編編，2015，《霧峰林家文書集：田業租谷》（台北：國史館），共611頁。
• 薛月順、林正慧編，2015，《蘇遠志：生技產業的開路先鋒》（台北：國史館），共232頁。